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1949年后，杜聿明在战犯管理所接受改造长达十年之久。管理所投入很大的人力和财力，医护人员对他精心治疗和护理，使其所患的胃溃疡、肺结核和肾结核等长期痼疾得以逐渐好转直至痊愈。杜聿明1959年12月被特赦，后被任命为全国政协文史资料研究委员会的文史专员，积极撰写文史资料，1964年被特邀为第四届全国政协委员。

1981年5月杜聿明在北京去世。在遗嘱中，杜聿明仍念念不忘祖国统一大业，嘱其妻率其子女和诺贝尔物理学奖获得者、女婿杨振宁为祖国现代化继续做出贡献，“盼在台湾之同学、亲友、同胞们以民族大义为重，早日促成和平统一”。