同一时刻，特工们之前派出的乌贼开始入侵船体，能对抗乌贼的只有EMP（电磁脉冲），但EMP会毁掉所有运行中的电子设备，必须等尼奥下线了才能使用。
可是在母体中，尼奥却在最后关头被特工给击毙，虚拟和现实中的尼奥都即将死亡！
在崔妮提的一吻之后，母体当中的尼奥以救世主的身份复活了，他掌握了随意修改母体的能力后，他看母体如同看代码，轻易地停住了空中的所有子弹。
作为救世主的尼奥和母体的战争，这也才刚刚开始，后面就是《黑客帝国》第二部跟第三部的剧情了！